瑞金市人民政府2014年12月批准建立了瑞金市赣江源自然保护区管理局，批文号为“瑞编字〔2014〕38号”，是与瑞金市日东林场两块牌子一套人马的正科级事业单位。管理局内设办公室、检查科、资源合理利用科，下设黄竹管护站、木鱼形管护站、陈埜管护站，有完善的基层保护站等机构。

办公室

负责机关政务工作的组织协调、文电处理、上传下达和对外联络工作；负责保密、保卫和会议的组织协调、记录工作；负责机关财务、后勤、人事、机构编制、工资管理、档案管理；负责全局综合性文稿起草和文件审核印发工作；负责人大建议、政协提案办理工作；负责综治、信访和维稳工作；负责干部职工教育、培训和考核管理工作；负责党建和群团工作具体事务。

检查科：

负责组织进行自然保护区宣传教育工作；负责区内行政执法工作，依法查处破坏本自然保护区生物资源和自然环境的违法行为及其责任人；负责本保护区范围的森林防火和林政工作；负责本自然保护区内林地管理，调解处理山林权属争议，完善界桩、界碑，稳定林地权属。

资源合理利用科：

负责编制保护区自然资源管理制度，编制年度巡护计划；开展资源调查；实施林业行政执法；负责森林防火；收集和整理巡护记录，建立巡护记录档案；负责本自然保护区内林业有害生物的防治、检疫工作；搞好生态公益林的管理及区内综治工作，具体指导、管理各管护站。

管护站（黄竹、木鱼形、陈埜）

负责所辖区域内森林和野生动植物资源的保护管理。预防、制止、处理各种偷猎野生动物和破坏森林资源、生态环境的行为；开展日常巡护，按技术规程开展监测工作。负责辖区及周边乡、村野生动植物和环境保护等有关法律法规的宣传，对群众进行森林防火和保护野生动植物的宣传教育；配合开展科学监测、调查和研究工作；及时报告区内森林火灾、盗伐林木、猎杀野生动物等安全重大突发事件；负责区内野生动物疫源疫病、森林病虫害等的监测工作，发现疫情及时上报；完成局领导及科室安排的其他工作。